Религия середины XVI - начала XVIII веков

Кроме власти военной и административной в крае было создано также церковное управление. В 1555 году в Среднем Поволжье организуется новая епархия, первым казанским и свияжским архиепископом назначается игумен Селижарова монастыря Гурий (Роготин). Приехав в Казань, Гурий приступил к христианизации края и постройке монастырей. Так были основаны Преображенский и Зилантов монастыре в Казани и еще два монастыря в Свияжске.

Архиепископы, носившие титулы Казанские и Свияжские (с 1556 по 1602 гг. - Казанские и Астраханские, с 1799 по 1832 гг. - Казанские и Сибирские), управляли Казанской епархией до 1589 года, когда Казанская епархия была преобразована в митрополию. Первым митрополитом стал святой Ермоген, впоследствии - Патриарх Московский и всея Руси. Именно св. Ермогену принадлежит заслуга составления описания чудесного обретения Казанской иконы Божией Матери (в чем он сам участвовал) и чудес от этой иконы. Именно св. Ермоген, в бытность свою Казанским митрополитом, обрел в 1595 году мощи Казанских святителей Гурия и Варсофония и добился прославления их в лике общероссийских святых. Казанская икона Божией Матери была обретена 8 июля 1579 года (при архиепископе Иеремии) десятилетней девочкой Матреной. Новообретенная икона крестным ходом была перенесена в храм священником Ермолаем (впоследствии - св. Патриархом Ермогеном) и очень скоро через этот образ были явлены многочисленные чудотворения. Подлинник иконы Казанской Божией матери находился до июня 1904 года в Казанском Богородицком монастыре, когда неким Чайкиным была похищена. Но и доныне неизвестна судьба чудотворной иконы. Следствию не удалось доказать факт уничтожения иконы, кроме того, некоторые историки предполагают, что похищен был список, а подлинник был еще в 1612 году отправлен в Москву. После св. Ермогена Казанскую кафедру возглавил митрополит Ефрем, пославший в 1612 году ополчению Минина и князя Пожарского список с Казанской иконы Божией Матери. Именно этой иконе впоследствии приписывалось чудесное избавление Москвы от поляков (память этого события совершается в Русской Православной церкви 22 октября старого стиля (4 ноября нового стиля). Митрополиту Ефрему в 1613 году принадлежала вся полнота Патриаршей роли. Именно он в 1613 году венчал на царство Михаила Федоровича Романова, первого из Дома Романовых; подпись митрополита Ефрема стоит первой под Уложенной грамотой.

Ислам потерял статус господствующей религии. Более того, общий курс российской  администрации был взят на полную ликвидацию ислама в Поволжье вплоть до насильственного крещения  и иных дискриминационных мер.